A Secretaria de Assistência Social do município desenvolve ações voltadas à integração das pessoas no mercado de trabalho e implementa políticas públicas que asseguram a proteção integral às pessoas com deficiência, promovendo sua dignidade e o pleno exercício da cidadania.
A Secretaria Municipal de Saúde promove as políticas públicas de saúde no município de Santo Antônio de Lisboa, por meio de ações, projetos e atividades voltadas à proteção da saúde da população e à promoção da qualidade de vida, em articulação com iniciativas do governo federal, estadual, setor privado e organizações não governamentais. Suas atividades básicas são desenvolvidas por meio da gestão do Fundo Municipal de Saúde (FMS) e da Unidade Mista de Saúde Pedro Vicente da Silva.
A Secretaria de Finanças organiza, controla e executa a política financeira e tributária do município, mantém os registros da execução do orçamento municipal, fiscaliza a aplicação das verbas públicas e fornece demonstrativos que assessorem a Administração Superior em questões financeiras, além de ser responsável pela orientação, controle e fiscalização de todos os atos relacionados às finanças do município.
A Secretaria Municipal de Educação promove a educação infantil e o ensino fundamental, visando oferecer uma educação de qualidade que estimule o desenvolvimento integral das potencialidades dos alunos, despertando o interesse pela pesquisa, pela cidadania e pelo exercício profissional. Além disso, suas funções voltadas para o ensino fundamental são promovidas por meio da gestão do Fundo de Desenvolvimento da Educação Básica (FUNDEB).
A Controladoria Geral do Município orienta a gestão pública com a correta aplicação das normas legais, visando resguardar o cumprimento dos princípios da administração pública, a legalidade, legitimidade e economicidade dos atos.
A Secretaria de Governo do município é responsável pelas atividades de promoção, relações públicas, agenda de audiências e cerimônias, expedição e recebimento da correspondência oficial e transmissão de determinações emanadas do Prefeito aos demais órgãos da Administração Municipal, assessorando-o em todos os assuntos relacionados com o Governo.
A Secretaria Municipal de Esportes e Lazer desenvolve e gerencia políticas voltadas ao esporte, lazer, atividade física e protagonismo juvenil para a população lisboense, visando o aprimoramento técnico, a qualidade de vida, a inclusão e a promoção social.
A Secretaria Municipal do Meio Ambiente desenvolve políticas públicas para impulsionar o potencial turístico do município, proteger o meio ambiente, combater a poluição em todas as suas formas e preservar as florestas, a fauna e a flora. Além disso, promove a educação ambiental e realiza intercâmbios com organismos nacionais e internacionais, visando o desenvolvimento de ações voltadas para a sustentabilidade.
A Secretaria Municipal de Obras Públicas planeja, desenvolve, controla, executa e mantém as atividades inerentes à construção de obras públicas, é responsável também pelas atividades inerentes quanto à abertura e pavimentação de vias públicas, pontes, viadutos, canais e rede de drenagem, bem como, pela sua manutenção e conservação permanente.
É responsável pelo planejamento e execução das políticas de recursos hídricos e de saneamento básico, atuando em conjunto com outras pastas do governo com a finalidade de integrar o sistema de saneamento, proteção do meio ambiente e desenvolvimento urbano.
A Secretaria Municipal de Cultura, Turismo e Eventos planeja, promove e executa as políticas públicas do município para essas três áreas. Suas principais atribuições incluem a valorização da cultura e do patrimônio local, o fomento ao turismo sustentável e a organização de eventos que movimentem a cidade e fortaleçam sua identidade.
O Gabinete do Prefeito é a unidade administrativa responsável por auxiliar na coordenação das ações governamentais, garantindo a eficiência da gestão pública e a implementação de políticas municipais. Atua no planejamento estratégico, na articulação institucional e no atendimento às demandas da população, promovendo a transparência e a participação cidadã. Além disso, desempenha um papel fundamental na comunicação entre a administração municipal e os diversos setores da sociedade, buscando sempre o desenvolvimento e a melhoria da qualidade de vida no município.
É responsável pelo planejamento e execução de políticas públicas voltadas à promoção da igualdade de gênero, defesa dos direitos das mulheres e combate à violência doméstica e familiar. Atua em conjunto com outras secretarias e órgãos governamentais para fortalecer a proteção social, fomentar a participação das mulheres na sociedade e garantir a implementação de ações de conscientização, empoderamento e assistência às mulheres em situação de vulnerabilidade.
A Secretaria Municipal de Agricultura coordena a política agrícola do município, prestando assistência e apoio aos produtores rurais, além de controlar, coordenar e gerir o sistema de abastecimento e segurança alimentar. Também realiza a vigilância e fiscalização sanitária de produtos alimentícios e estabelecimentos comerciais do setor, fomenta e desenvolve políticas de produção familiar, mantém e conserva unidades, equipamentos e instalações para o desenvolvimento agropecuário, agroindustrial e de abastecimento. Além disso, apoia, planeja, coordena e executa programas de capacitação para agricultores e trabalhadores rurais, por meio do Centro Tecnológico da Agricultura Familiar, e disponibiliza dados e informações de interesse público para municípios, profissionais e estudantes da área agrícola.
A Secretaria Municipal de Administração (Semad) planeja, coordena, normatiza e executa os sistemas de administração da Prefeitura de Santo Antônio de Lisboa. A Semad é responsável por fazer recrutamento e seleção, treinamento, pagamento e controle funcional e financeiro de pessoal; modernização da estrutura organizacional e dos métodos de trabalho; racionalização do uso de bens e equipamentos da administração municipal; controle do material permanente e de consumo; manutenção do transporte oficial, entre outras atribuições.